Die ersten beiden Bände der „Cantiones Ecclesiasticae“ mit Motetten seines Vaters, geordnet nach dem Kirchenjahr, hatte er bereits 1573 herausgebracht. Zwei weitere Bände erschienen 1576 und 1580. Das Gesamtwerk enthält etwa siebenhundert kirchliche mehrstimmige Gesänge, darunter die fast vollständige Vertonung des Psalters. Ursprünglich war das Werk auf zehn Bände geplant. Auch zwei theologische Schriften seines Vaters zur Lehre von der Eucharistie, über die Verwandlung von Brot und Wein und zeitgenössische Irrtümer dazu, hatte Sophonias Paminger, zusammen mit seinem Bruder Sigismund (1538–1571), herausgegeben. Daneben verfasste Paminger zahlreiche gedruckte kleinere Schriften in Versform, Grabreden und Nachrufe auf Personen aus der Familie oder dem schulischen Umfeld sowie Feiergedichte zu familiären Anlässen, anhand derer seine Biographie beinahe lückenlos rekonstruiert werden kann, auch einige kleinere Kompositionen.
Er starb 1603 in Nürnberg.
Schon 1556 schrieb Sophonias Paminger in Deggendorf im Auftrag des Rates der Stadt eine Schulordnung für eine vierklassige Lateinschule. Der Entwurf ist vermutlich identisch mit einem 10-seitigen Manuskript ohne Verfassernamen, das sich im Stadtarchiv Deggendorf erhalten hat und dann als eine frühe Vorarbeit gelten kann für eine 1586 in Regensburg als Buch veröffentlichte Schulordnung für eine fünfklassige Lateinschule, „Reformatio unnd Ordnung. Einer Lateinischen Schul.“ Möglicherweise wollte Paminger damit einen Diskussionsbeitrag liefern zu den Bemühungen um eine fortlaufende Verbesserung der Verhältnisse am Regensburger Gymnasium Poeticum. In beiden Schriften sieht der Verfasser Versagen von Erziehung und Bildung häufig schon im Elternhaus begründet, das oft sogar den Absichten der Schule zuwiderhandle. Demgegenüber betont er, wie wichtig es sei, dass der Lehrer mit seiner sittlichen Lebensführung, durch Wort und Auftreten ein gutes Beispiel gebe. Eine zu nachgiebige Haltung gegenüber Fehlentwicklungen, wie sie seinerzeit herrschten, sei die Ursache für zahlreiche Übel in Familie und Öffentlichkeit.
Auch in der Prosaschrift bemüht er sich um pointierte Formulierungen, wie etwa, wenn er einen frühen Schulbeginn nicht wie üblich um 6 Uhr, sondern um 5 Uhr empfiehlt: „Aurora musis amica.“ (Die Morgenröte ist den Musen eine Freundin.) Paminger pflegte freundschaftliche Beziehungen zu zahlreichen Persönlichkeiten, z.B. zu dem aus Niederalteich stammenden Juristen und unter den katholischen neulateinischen Autoren einzigen bedeutenden Dichter Johannes Aurpach (1531–1582), dem er in der Schulzeit schon Nachhilfe im Skandieren von Versen gegeben hatte. Aurpach wurde nach einigen Jahren im Dienst des Herzogs 1567 Propst- und Domrichter in Regensburg und war 1570 bis 1579 bischöflicher Kanzler. Zu Pamingers Buch „Reformatio unnd Ordnung“ schrieb Jeremias Homberger (1529–1595) ein empfehlendes Vorwort. Dieser war Lehrer in Frankfurt a. M., Lauingen, Pfarrer in Oettingen, dann Superintendent in Graz, wo er 1585 wegen seiner protestantischen Haltung das Amt aufgeben musste. 1559/1560, wieder ab 1585 lebte er in Regensburg. Sein Sohn Paul Homberger (1560–1634), in Regensburg geboren, 1584 Schüler am Gymnasium Poeticum, 1601 hier Kantor und Lehrer am Gymnasium, wurde ein anerkannter Komponist.